En esta Universidad, los Centros de Investigación y Estudios (asociados casi en su totalidad a las Facultades) constituyen el núcleo de excelencia del trabajo científico, donde se agrupan los colectivos de resultados más relevantes y de mayor envergadura. Ellos son:
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| Centro de Estudios de Ingeniería de Sistemas, CEIS |
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| Centro de Estudios de Tecnologías Energéticas Renovables, CETER |
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| Centro de Estudios Urbanos de la Habana, CEUH |
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